
Gedung Utama SMP Negeri 2 Nunukan
Gedung Utama SMP Negeri 2 Nunukan merupakan pusat kegiatan pembelajaran dan administrasi yang terletak strategis di Jl. Bhayangkara, Nunukan Barat. Bangunan ini dirancang dengan konsep ramah lingkungan dan terbuka, dikelilingi oleh tanaman hijau yang memberikan suasana sejuk dan nyaman bagi warga sekolah.
Lantai 1
- Kelas VII A/B/C/I
- Ruangan Kepala Sekolah
- Ruangan Tata Usaha
- Ruangan Guru
- Ruangan Kesiswaan
- Pepustakaan Sekolah
- Koperasi Melati
- Laboratorium Komputer 1
- Laboratorium Komputer 3
- Kamar Mandi Siswa/i
- Kamar Mandi Guru
Lantai 2
- Kelas VII D/E/F/G/H
- Laboratorium Komputer 2

Gedung Kedua SMP Negeri 2 Nunukan
Gedung Kedua SMP Negeri 2 Nunukan yang terletak strategis di Jl. Sei Fatimah Desa Ujang Fatimah, Binusan. Bangunan di gedung kedua ini memiliki 3 Gedung Administrastif aktif serta bangunan ini dirancang dengan konsep ramah lingkungan dan terbuka, dikelilingi oleh tanaman hijau yang memberikan suasana sejuk dan nyaman bagi warga sekolah.
Gedung A Lantai 1
- Kelas IX A/B/C/D
- Kelas VIII A/B/C
- Koperasi Melati
- Sekretariatan Pramuka
- Kamar Mandi Siswi
- Kamar Mandi Guru
Gedung A Lantai 2
- Kelas IX E/F/G/H
- Kelas VIII D/E/F

Gedung B SMP Negeri 2 Nunukan
Gedung B di rancang sebagai gedung yang bernuansa biru sebagaimana gedung ini juga bagian dari pada administratif sekolah
Gedung B Lantai 1
- Usaha Kesehatan Sekolah
- Ruangan Tata Usaha
- Ruangan Bimbingan Dan Konseling Kelas VIII
- Kelas VIII G/H
- Kamar Mandi Siswa
Gedung B Lantai 2
- Kelas VIII I

Gedung C SMP Negeri 2 Nunukan
Untuk medukung kegiatan pembelajaran dan administratif di gedung C ini merupakan layananan sarana dan pedukung siswa-siswi
Gedung C Sisi Utara
- Perpustakaan Sekolah
- Ruangan Bimbingan Dan Koseling Kelas IX
- Ruangan Kesiswaan
- Ruangan Guru
- Ruangan Keagamaan
- Ruangan Kepala Sekolah
- Pantry
Gedung C Sisi Barat
- Laboratorium IPA
- Laboratorium Komputer
- Parkiran Kendaraan Roda Dua & Empat
