Ruangan Kelas
Terdapat 9 rombongan belajar pada gedung utama dan gedung kedua. Sehingga terakumulasi menjadi total rombongan belajar berjumlah 27. Gedung Utama Kelas VII A-I. Gedung Kedua Kelas VIII A-I, Dan Kelas IX A-I
Laboratorium Komputer
Laboratorium komputer telah dilengkapi sarana dan prasarana yang akan menunjang proses pembelajaran peserta didik dalam melaksanakan praktikum. Laboratorium Komputer 1 dan Laboratorium Komputer 2 terletak pada Gedung Utama. Sementara Laboratorium Komputer 3 terletak pada Gedung Kedua.
Laboratorium IPA
Laboratorium biologi telah dilengkapi sarana dan prasarana yang akan menunjang proses pembelajaran peserta didik dalam melaksanakan praktikum.
Perpustakaan
Perpustaakan SMP Negeri 2 Nunukan juga memiliki 2 perpustakaan. Perpustakaan Utama terletak di Gedung Kedua. Untuk perpustakaan Kedua Terletak di Gedung Utama.
